Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
Catalogo dei prodotti della ricerca
Cancer progression involves the gradual loss of a differentiated phenotype and acquisition of progenitor and stem-cell-like features. Here, we provide novel stemness indices for assessing the degree of oncogenic dedifferentiation. We used an innovative one-class logistic regression (OCLR) machine-learning algorithm to extract transcriptomic and epigenetic feature sets derived from non-transformed pluripotent stem cells and their differentiated progeny. Using OCLR, we were able to identify previously undiscovered biological mechanisms associated with the dedifferentiated oncogenic state. Analyses of the tumor microenvironment revealed unanticipated correlation of cancer stemness with immune checkpoint expression and infiltrating immune cells. We found that the dedifferentiated oncogenic phenotype was generally most prominent in metastatic tumors. Application of our stemness indices to single-cell data revealed patterns of intra-tumor molecular heterogeneity. Finally, the indices allowed for the identification of novel targets and possible targeted therapies aimed at tumor differentiation. Stemness features extracted from transcriptomic and epigenetic data from TCGA tumors reveal novel biological and clinical insight, as well as potential drug targets for anti-cancer therapies.
Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation / Malta, T. M.; Sokolov, A.; Gentles, A. J.; Burzykowski, T.; Poisson, L.; Weinstein, J. N.; Kaminska, B.; Huelsken, J.; Omberg, L.; Gevaert, O.; Colaprico, A.; Czerwinska, P.; Mazurek, S.; Mishra, L.; Heyn, H.; Krasnitz, A.; Godwin, A. K.; Lazar, A. J.; Caesar-Johnson, S. J.; Demchok, J. A.; Felau, I.; Kasapi, M.; Ferguson, M. L.; Hutter, C. M.; Sofia, H. J.; Tarnuzzer, R.; Wang, Z.; Yang, L.; Zenklusen, J. C.; Zhang, J. J.; Chudamani, S.; Liu, J.; Lolla, L.; Naresh, R.; Pihl, T.; Sun, Q.; Wan, Y.; Wu, Y.; Cho, J.; Defreitas, T.; Frazer, S.; Gehlenborg, N.; Getz, G.; Heiman, D. I.; Kim, J.; Lawrence, M. S.; Lin, P.; Meier, S.; Noble, M. S.; Saksena, G.; Voet, D.; Zhang, H.; Bernard, B.; Chambwe, N.; Dhankani, V.; Knijnenburg, T.; Kramer, R.; Leinonen, K.; Liu, Y.; Miller, M.; Reynolds, S.; Shmulevich, I.; Thorsson, V.; Zhang, W.; Akbani, R.; Broom, B. M.; Hegde, A. M.; Ju, Z.; Kanchi, R. S.; Korkut, A.; Li, J.; Liang, H.; Ling, S.; Liu, W.; Lu, Y.; Mills, G. B.; Ng, K. -S.; Rao, A.; Ryan, M.; Wang, J.; Zhang, J.; Abeshouse, A.; Armenia, J.; Chakravarty, D.; Chatila, W. K.; de Bruijn, I.; Gao, J.; Gross, B. E.; Heins, Z. J.; Kundra, R.; La, K.; Ladanyi, M.; Luna, A.; Nissan, M. G.; Ochoa, A.; Phillips, S. M.; Reznik, E.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Schultz, N.; Sheridan, R.; Sumer, S. O.; Sun, Y.; Taylor, B. S.; Wang, J.; Zhang, H.; Anur, P.; Peto, M.; Spellman, P.; Benz, C.; Stuart, J. M.; Wong, C. K.; Yau, C.; Hayes, D. N.; Parker, J. S.; Wilkerson, M. D.; Ally, A.; Balasundaram, M.; Bowlby, R.; Brooks, D.; Carlsen, R.; Chuah, E.; Dhalla, N.; Holt, R.; Jones, S. J. M.; Kasaian, K.; Lee, D.; Ma, Y.; Marra, M. A.; Mayo, M.; Moore, R. A.; Mungall, A. J.; Mungall, K.; Robertson, A. G.; Sadeghi, S.; Schein, J. E.; Sipahimalani, P.; Tam, A.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Berger, A. C.; Beroukhim, R.; Cherniack, A. D.; Cibulskis, C.; Gabriel, S. B.; Gao, G. F.; Ha, G.; Meyerson, M.; Schumacher, S. E.; Shih, J.; Kucherlapati, M. H.; Kucherlapati, R. S.; Baylin, S.; Cope, L.; Danilova, L.; Bootwalla, M. S.; Lai, P. H.; Maglinte, D. T.; Van Den Berg, D. J.; Weisenberger, D. J.; Auman, J. T.; Balu, S.; Bodenheimer, T.; Fan, C.; Hoadley, K. A.; Hoyle, A. P.; Jefferys, S. R.; Jones, C. D.; Meng, S.; Mieczkowski, P. A.; Mose, L. E.; Perou, A. H.; Perou, C. M.; Roach, J.; Shi, Y.; Simons, J. V.; Skelly, T.; Soloway, M. G.; Tan, D.; Veluvolu, U.; Fan, H.; Hinoue, T.; Laird, P. W.; Shen, H.; Zhou, W.; Bellair, M.; Chang, K.; Covington, K.; Creighton, C. J.; Dinh, H.; Doddapaneni, H.; Donehower, L. A.; Drummond, J.; Gibbs, R. A.; Glenn, R.; Hale, W.; Han, Y.; Hu, J.; Korchina, V.; Lee, S.; Lewis, L.; Li, W.; Liu, X.; Morgan, M.; Morton, D.; Muzny, D.; Santibanez, J.; Sheth, M.; Shinbrot, E.; Wang, L.; Wang, M.; Wheeler, D. A.; Xi, L.; Zhao, F.; Hess, J.; Appelbaum, E. L.; Bailey, M.; Cordes, M. G.; Ding, L.; Fronick, C. C.; Fulton, L. A.; Fulton, R. S.; Kandoth, C.; Mardis, E. R.; Mclellan, M. D.; Miller, C. A.; Schmidt, H. K.; Wilson, R. K.; Crain, D.; Curley, E.; Gardner, J.; Lau, K.; Mallery, D.; Morris, S.; Paulauskis, J.; Penny, R.; Shelton, C.; Shelton, T.; Sherman, M.; Thompson, E.; Yena, P.; Bowen, J.; Gastier-Foster, J. M.; Gerken, M.; Leraas, K. M.; Lichtenberg, T. M.; Ramirez, N. C.; Wise, L.; Zmuda, E.; Corcoran, N.; Costello, T.; Hovens, C.; Carvalho, A. L.; de Carvalho, A. C.; Fregnani, J. H.; Longatto-Filho, A.; Reis, R. M.; Scapulatempo-Neto, C.; Silveira, H. C. S.; Vidal, D. O.; Burnette, A.; Eschbacher, J.; Hermes, B.; Noss, A.; Singh, R.; Anderson, M. L.; Castro, P. D.; Ittmann, M.; Huntsman, D.; Kohl, B.; Le, X.; Thorp, R.; Andry, C.; Duffy, E. R.; Lyadov, V.; Paklina, O.; Setdikova, G.; Shabunin, A.; Tavobilov, M.; Mcpherson, C.; Warnick, R.; Berkowitz, R.; Cramer, D.; Feltmate, C.; Horowitz, N.; Kibel, A.; Muto, M.; Raut, C. P.; Malykh, A.; Barnholtz-Sloan, J. S.; Barrett, W.; Devine, K.; Fulop, J.; Ostrom, Q. T.; Shimmel, K.; Wolinsky, Y.; Sloan, A. E.; De Rose, A.; Giuliante, F.; Goodman, M.; Karlan, B. Y.; Hagedorn, C. H.; Eckman, J.; Harr, J.; Myers, J.; Tucker, K.; Zach, L. A.; Deyarmin, B.; Hu, H.; Kvecher, L.; Larson, C.; Mural, R. J.; Somiari, S.; Vicha, A.; Zelinka, T.; Bennett, J.; Iacocca, M.; Rabeno, B.; Swanson, P.; Latour, M.; Lacombe, L.; Tetu, B.; Bergeron, A.; Mcgraw, M.; Staugaitis, S. M.; Chabot, J.; Hibshoosh, H.; Sepulveda, A.; Su, T.; Wang, T.; Potapova, O.; Voronina, O.; Desjardins, L.; Mariani, O.; Roman-Roman, S.; Sastre, X.; Stern, M. -H.; Cheng, F.; Signoretti, S.; Berchuck, A.; Bigner, D.; Lipp, E.; Marks, J.; Mccall, S.; Mclendon, R.; Secord, A.; Sharp, A.; Behera, M.; Brat, D. J.; Chen, A.; Delman, K.; Force, S.; Khuri, F.; Magliocca, K.; Maithel, S.; Olson, J. J.; Owonikoko, T.; Pickens, A.; Ramalingam, S.; Shin, D. M.; Sica, G.; Van Meir, E. G.; Zhang, H.; Eijckenboom, W.; Gillis, A.; Korpershoek, E.; Looijenga, L.; Oosterhuis, W.; Stoop, H.; van Kessel, K. E.; Zwarthoff, E. C.; Calatozzolo, C.; Cuppini, L.; Cuzzubbo, S.; Dimeco, F.; Finocchiaro, G.; Mattei, L.; Perin, A.; Pollo, B.; Chen, C.; Houck, J.; Lohavanichbutr, P.; Hartmann, A.; Stoehr, C.; Stoehr, R.; Taubert, H.; Wach, S.; Wullich, B.; Kycler, W.; Murawa, D.; Wiznerowicz, M.; Chung, K.; Edenfield, W. J.; Martin, J.; Baudin, E.; Bubley, G.; Bueno, R.; De Rienzo, A.; Richards, W. G.; Kalkanis, S.; Mikkelsen, T.; Noushmehr, H.; Scarpace, L.; Girard, N.; Aymerich, M.; Campo, E.; Gine, E.; Guillermo, A. L.; Van Bang, N.; Hanh, P. T.; Phu, B. D.; Tang, Y.; Colman, H.; Evason, K.; Dottino, P. R.; Martignetti, J. A.; Gabra, H.; Juhl, H.; Akeredolu, T.; Stepa, S.; Hoon, D.; Ahn, K.; Kang, K. J.; Beuschlein, F.; Breggia, A.; Birrer, M.; Bell, D.; Borad, M.; Bryce, A. H.; Castle, E.; Chandan, V.; Cheville, J.; Copland, J. A.; Farnell, M.; Flotte, T.; Giama, N.; Ho, T.; Kendrick, M.; Kocher, J. -P.; Kopp, K.; Moser, C.; Nagorney, D.; O'Brien, D.; O'Neill, B. P.; Patel, T.; Petersen, G.; Que, F.; Rivera, M.; Roberts, L.; Smallridge, R.; Smyrk, T.; Stanton, M.; Thompson, R. H.; Torbenson, M.; Yang, J. D.; Zhang, L.; Brimo, F.; Ajani, J. A.; Gonzalez, A. M. A.; Behrens, C.; Bondaruk, J.; Broaddus, R.; Czerniak, B.; Esmaeli, B.; Fujimoto, J.; Gershenwald, J.; Guo, C.; Logothetis, C.; Meric-Bernstam, F.; Moran, C.; Ramondetta, L.; Rice, D.; Sood, A.; Tamboli, P.; Thompson, T.; Troncoso, P.; Tsao, A.; Wistuba, I.; Carter, C.; Haydu, L.; Hersey, P.; Jakrot, V.; Kakavand, H.; Kefford, R.; Lee, K.; Long, G.; Mann, G.; Quinn, M.; Saw, R.; Scolyer, R.; Shannon, K.; Spillane, A.; Stretch, J.; Synott, M.; Thompson, J.; Wilmott, J.; Al-Ahmadie, H.; Chan, T. A.; Ghossein, R.; Gopalan, A.; Levine, D. A.; Reuter, V.; Singer, S.; Singh, B.; Tien, N. V.; Broudy, T.; Mirsaidi, C.; Nair, P.; Drwiega, P.; Miller, J.; Smith, J.; Zaren, H.; Park, J. -W.; Hung, N. P.; Kebebew, E.; Linehan, W. M.; Metwalli, A. R.; Pacak, K.; Pinto, P. A.; Schiffman, M.; Schmidt, L. S.; Vocke, C. D.; Wentzensen, N.; Worrell, R.; Yang, H.; Moncrieff, M.; Goparaju, C.; Melamed, J.; Pass, H.; Botnariuc, N.; Caraman, I.; Cernat, M.; Chemencedji, I.; Clipca, A.; Doruc, S.; Gorincioi, G.; Mura, S.; Pirtac, M.; Stancul, I.; Tcaciuc, D.; Albert, M.; Alexopoulou, I.; Arnaout, A.; Bartlett, J.; Engel, J.; Gilbert, S.; Parfitt, J.; Sekhon, H.; Thomas, G.; Rassl, D. M.; Rintoul, R. C.; Bifulco, C.; Tamakawa, R.; Urba, W.; Hayward, N.; Timmers, H.; Antenucci, A.; Facciolo, F.; Grazi, G.; Marino, M.; Merola, R.; de Krijger, R.; Gimenez-Roqueplo, A. -P.; Piche, A.; Chevalier, S.; Mckercher, G.; Birsoy, K.; Barnett, G.; Brewer, C.; Farver, C.; Naska, T.; Pennell, N. A.; Raymond, D.; Schilero, C.; Smolenski, K.; Williams, F.; Morrison, C.; Borgia, J. A.; Liptay, M. J.; Pool, M.; Seder, C. W.; Junker, K.; Omberg, L.; Dinkin, M.; Manikhas, G.; Alvaro, D.; Bragazzi, M. C.; Cardinale, V.; Carpino, G.; Gaudio, E.; Chesla, D.; Cottingham, S.; Dubina, M.; Moiseenko, F.; Dhanasekaran, R.; Becker, K. -F.; Janssen, K. -P.; Slotta-Huspenina, J.; Abdel-Rahman, M. H.; Aziz, D.; Bell, S.; Cebulla, C. M.; Davis, A.; Duell, R.; Elder, J. B.; Hilty, J.; Kumar, B.; Lang, J.; Lehman, N. L.; Mandt, R.; Nguyen, P.; Pilarski, R.; Rai, K.; Schoenfield, L.; Senecal, K.; Wakely, P.; Hansen, P.; Lechan, R.; Powers, J.; Tischler, A.; Grizzle, W. E.; Sexton, K. C.; Kastl, A.; Henderson, J.; Porten, S.; Waldmann, J.; Fassnacht, M.; Asa, S. L.; Schadendorf, D.; Couce, M.; Graefen, M.; Huland, H.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Simon, R.; Tennstedt, P.; Olabode, O.; Nelson, M.; Bathe, O.; Carroll, P. R.; Chan, J. M.; Disaia, P.; Glenn, P.; Kelley, R. K.; Landen, C. N.; Phillips, J.; Prados, M.; Simko, J.; Smith-McCune, K.; Vandenberg, S.; Roggin, K.; Fehrenbach, A.; Kendler, A.; Sifri, S.; Steele, R.; Jimeno, A.; Carey, F.; Forgie, I.; Mannelli, M.; Carney, M.; Hernandez, B.; Campos, B.; Herold-Mende, C.; Jungk, C.; Unterberg, A.; von Deimling, A.; Bossler, A.; Galbraith, J.; Jacobus, L.; Knudson, M.; Knutson, T.; Ma, D.; Milhem, M.; Sigmund, R.; Madan, R.; Rosenthal, H. G.; Adebamowo, C.; Adebamowo, S. N.; Boussioutas, A.; Beer, D.; Giordano, T.; Mes-Masson, A. -M.; Saad, F.; Bocklage, T.; Landrum, L.; Mannel, R.; Moore, K.; Moxley, K.; Postier, R.; Walker, J.; Zuna, R.; Feldman, M.; Valdivieso, F.; Dhir, R.; Luketich, J.; Pinero, E. M. M.; Quintero-Aguilo, M.; Carlotti, C. G.; Dos Santos, J. S.; Kemp, R.; Sankarankuty, A.; Tirapelli, D.; Catto, J.; Agnew, K.; Swisher, E.; Creaney, J.; Robinson, B.; Shelley, C. S.; Godwin, E. M.; Kendall, S.; Shipman, C.; Bradford, C.; Carey, T.; Haddad, A.; Moyer, J.; Peterson, L.; Prince, M.; Rozek, L.; Wolf, G.; Bowman, R.; Fong, K. M.; Yang, I.; Korst, R.; Rathmell, W. K.; Fantacone-Campbell, J. L.; Hooke, J. A.; Kovatich, A. J.; Shriver, C. D.; Dipersio, J.; Drake, B.; Govindan, R.; Heath, S.; Ley, T.; Van Tine, B.; Westervelt, P.; Rubin, M. A.; Lee, J. I.; Aredes, N. D.; Mariamidze, A.; Stuart, J. M.; Hoadley, K. A.; Noushmehr, H.; Noushmehr, H.. - In: CELL. - ISSN 0092-8674. - 173:2(2018), p. 338. [10.1016/j.cell.2018.03.034]
Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation
Malta T. M.;Sokolov A.;Gentles A. J.;Burzykowski T.;Poisson L.;Weinstein J. N.;Kaminska B.;Huelsken J.;Omberg L.;Gevaert O.;Colaprico A.;Czerwinska P.;Mazurek S.;Mishra L.;Heyn H.;Krasnitz A.;Godwin A. K.;Lazar A. J.;Caesar-Johnson S. J.;Demchok J. A.;Felau I.;Kasapi M.;Ferguson M. L.;Hutter C. M.;Sofia H. J.;Tarnuzzer R.;Wang Z.;Yang L.;Zenklusen J. C.;Zhang J. J.;Chudamani S.;Liu J.;Lolla L.;Naresh R.;Pihl T.;Sun Q.;Wan Y.;Wu Y.;Cho J.;DeFreitas T.;Frazer S.;Gehlenborg N.;Getz G.;Heiman D. I.;Kim J.;Lawrence M. S.;Lin P.;Meier S.;Noble M. S.;Saksena G.;Voet D.;Zhang H.;Bernard B.;Chambwe N.;Dhankani V.;Knijnenburg T.;Kramer R.;Leinonen K.;Liu Y.;Miller M.;Reynolds S.;Shmulevich I.;Thorsson V.;Zhang W.;Akbani R.;Broom B. M.;Hegde A. M.;Ju Z.;Kanchi R. S.;Korkut A.;Li J.;Liang H.;Ling S.;Liu W.;Lu Y.;Mills G. B.;Ng K. -S.;Rao A.;Ryan M.;Wang J.;Zhang J.;Abeshouse A.;Armenia J.;Chakravarty D.;Chatila W. K.;de Bruijn I.;Gao J.;Gross B. E.;Heins Z. J.;Kundra R.;La K.;Ladanyi M.;Luna A.;Nissan M. G.;Ochoa A.;Phillips S. M.;Reznik E.;Sanchez-Vega F.;Sander C.;Schultz N.;Sheridan R.;Sumer S. O.;Sun Y.;Taylor B. S.;Wang J.;Zhang H.;Anur P.;Peto M.;Spellman P.;Benz C.;Stuart J. M.;Wong C. K.;Yau C.;Hayes D. N.;Parker J. S.;Wilkerson M. D.;Ally A.;Balasundaram M.;Bowlby R.;Brooks D.;Carlsen R.;Chuah E.;Dhalla N.;Holt R.;Jones S. J. M.;Kasaian K.;Lee D.;Ma Y.;Marra M. A.;Mayo M.;Moore R. A.;Mungall A. J.;Mungall K.;Robertson A. G.;Sadeghi S.;Schein J. E.;Sipahimalani P.;Tam A.;Thiessen N.;Tse K.;Wong T.;Berger A. C.;Beroukhim R.;Cherniack A. D.;Cibulskis C.;Gabriel S. B.;Gao G. F.;Ha G.;Meyerson M.;Schumacher S. E.;Shih J.;Kucherlapati M. H.;Kucherlapati R. S.;Baylin S.;Cope L.;Danilova L.;Bootwalla M. S.;Lai P. H.;Maglinte D. T.;Van Den Berg D. J.;Weisenberger D. J.;Auman J. T.;Balu S.;Bodenheimer T.;Fan C.;Hoadley K. A.;Hoyle A. P.;Jefferys S. R.;Jones C. D.;Meng S.;Mieczkowski P. A.;Mose L. E.;Perou A. H.;Perou C. M.;Roach J.;Shi Y.;Simons J. V.;Skelly T.;Soloway M. G.;Tan D.;Veluvolu U.;Fan H.;Hinoue T.;Laird P. W.;Shen H.;Zhou W.;Bellair M.;Chang K.;Covington K.;Creighton C. J.;Dinh H.;Doddapaneni H.;Donehower L. A.;Drummond J.;Gibbs R. A.;Glenn R.;Hale W.;Han Y.;Hu J.;Korchina V.;Lee S.;Lewis L.;Li W.;Liu X.;Morgan M.;Morton D.;Muzny D.;Santibanez J.;Sheth M.;Shinbrot E.;Wang L.;Wang M.;Wheeler D. A.;Xi L.;Zhao F.;Hess J.;Appelbaum E. L.;Bailey M.;Cordes M. G.;Ding L.;Fronick C. C.;Fulton L. A.;Fulton R. S.;Kandoth C.;Mardis E. R.;McLellan M. D.;Miller C. A.;Schmidt H. K.;Wilson R. K.;Crain D.;Curley E.;Gardner J.;Lau K.;Mallery D.;Morris S.;Paulauskis J.;Penny R.;Shelton C.;Shelton T.;Sherman M.;Thompson E.;Yena P.;Bowen J.;Gastier-Foster J. M.;Gerken M.;Leraas K. M.;Lichtenberg T. M.;Ramirez N. C.;Wise L.;Zmuda E.;Corcoran N.;Costello T.;Hovens C.;Carvalho A. L.;de Carvalho A. C.;Fregnani J. H.;Longatto-Filho A.;Reis R. M.;Scapulatempo-Neto C.;Silveira H. C. S.;Vidal D. O.;Burnette A.;Eschbacher J.;Hermes B.;Noss A.;Singh R.;Anderson M. L.;Castro P. D.;Ittmann M.;Huntsman D.;Kohl B.;Le X.;Thorp R.;Andry C.;Duffy E. R.;Lyadov V.;Paklina O.;Setdikova G.;Shabunin A.;Tavobilov M.;McPherson C.;Warnick R.;Berkowitz R.;Cramer D.;Feltmate C.;Horowitz N.;Kibel A.;Muto M.;Raut C. P.;Malykh A.;Barnholtz-Sloan J. S.;Barrett W.;Devine K.;Fulop J.;Ostrom Q. T.;Shimmel K.;Wolinsky Y.;Sloan A. E.;De Rose A.;Giuliante F.;Goodman M.;Karlan B. Y.;Hagedorn C. H.;Eckman J.;Harr J.;Myers J.;Tucker K.;Zach L. A.;Deyarmin B.;Hu H.;Kvecher L.;Larson C.;Mural R. J.;Somiari S.;Vicha A.;Zelinka T.;Bennett J.;Iacocca M.;Rabeno B.;Swanson P.;Latour M.;Lacombe L.;Tetu B.;Bergeron A.;McGraw M.;Staugaitis S. M.;Chabot J.;Hibshoosh H.;Sepulveda A.;Su T.;Wang T.;Potapova O.;Voronina O.;Desjardins L.;Mariani O.;Roman-Roman S.;Sastre X.;Stern M. -H.;Cheng F.;Signoretti S.;Berchuck A.;Bigner D.;Lipp E.;Marks J.;McCall S.;McLendon R.;Secord A.;Sharp A.;Behera M.;Brat D. J.;Chen A.;Delman K.;Force S.;Khuri F.;Magliocca K.;Maithel S.;Olson J. J.;Owonikoko T.;Pickens A.;Ramalingam S.;Shin D. M.;Sica G.;Van Meir E. G.;Zhang H.;Eijckenboom W.;Gillis A.;Korpershoek E.;Looijenga L.;Oosterhuis W.;Stoop H.;van Kessel K. E.;Zwarthoff E. C.;Calatozzolo C.;Cuppini L.;Cuzzubbo S.;DiMeco F.;Finocchiaro G.;Mattei L.;Perin A.;Pollo B.;Chen C.;Houck J.;Lohavanichbutr P.;Hartmann A.;Stoehr C.;Stoehr R.;Taubert H.;Wach S.;Wullich B.;Kycler W.;Murawa D.;Wiznerowicz M.;Chung K.;Edenfield W. J.;Martin J.;Baudin E.;Bubley G.;Bueno R.;De Rienzo A.;Richards W. G.;Kalkanis S.;Mikkelsen T.;Noushmehr H.;Scarpace L.;Girard N.;Aymerich M.;Campo E.;Gine E.;Guillermo A. L.;Van Bang N.;Hanh P. T.;Phu B. D.;Tang Y.;Colman H.;Evason K.;Dottino P. R.;Martignetti J. A.;Gabra H.;Juhl H.;Akeredolu T.;Stepa S.;Hoon D.;Ahn K.;Kang K. J.;Beuschlein F.;Breggia A.;Birrer M.;Bell D.;Borad M.;Bryce A. H.;Castle E.;Chandan V.;Cheville J.;Copland J. A.;Farnell M.;Flotte T.;Giama N.;Ho T.;Kendrick M.;Kocher J. -P.;Kopp K.;Moser C.;Nagorney D.;O'Brien D.;O'Neill B. P.;Patel T.;Petersen G.;Que F.;Rivera M.;Roberts L.;Smallridge R.;Smyrk T.;Stanton M.;Thompson R. H.;Torbenson M.;Yang J. D.;Zhang L.;Brimo F.;Ajani J. A.;Gonzalez A. M. A.;Behrens C.;Bondaruk J.;Broaddus R.;Czerniak B.;Esmaeli B.;Fujimoto J.;Gershenwald J.;Guo C.;Logothetis C.;Meric-Bernstam F.;Moran C.;Ramondetta L.;Rice D.;Sood A.;Tamboli P.;Thompson T.;Troncoso P.;Tsao A.;Wistuba I.;Carter C.;Haydu L.;Hersey P.;Jakrot V.;Kakavand H.;Kefford R.;Lee K.;Long G.;Mann G.;Quinn M.;Saw R.;Scolyer R.;Shannon K.;Spillane A.;Stretch J.;Synott M.;Thompson J.;Wilmott J.;Al-Ahmadie H.;Chan T. A.;Ghossein R.;Gopalan A.;Levine D. A.;Reuter V.;Singer S.;Singh B.;Tien N. V.;Broudy T.;Mirsaidi C.;Nair P.;Drwiega P.;Miller J.;Smith J.;Zaren H.;Park J. -W.;Hung N. P.;Kebebew E.;Linehan W. M.;Metwalli A. R.;Pacak K.;Pinto P. A.;Schiffman M.;Schmidt L. S.;Vocke C. D.;Wentzensen N.;Worrell R.;Yang H.;Moncrieff M.;Goparaju C.;Melamed J.;Pass H.;Botnariuc N.;Caraman I.;Cernat M.;Chemencedji I.;Clipca A.;Doruc S.;Gorincioi G.;Mura S.;Pirtac M.;Stancul I.;Tcaciuc D.;Albert M.;Alexopoulou I.;Arnaout A.;Bartlett J.;Engel J.;Gilbert S.;Parfitt J.;Sekhon H.;Thomas G.;Rassl D. M.;Rintoul R. C.;Bifulco C.;Tamakawa R.;Urba W.;Hayward N.;Timmers H.;Antenucci A.;Facciolo F.;Grazi G.;Marino M.;Merola R.;de Krijger R.;Gimenez-Roqueplo A. -P.;Piche A.;Chevalier S.;McKercher G.;Birsoy K.;Barnett G.;Brewer C.;Farver C.;Naska T.;Pennell N. A.;Raymond D.;Schilero C.;Smolenski K.;Williams F.;Morrison C.;Borgia J. A.;Liptay M. J.;Pool M.;Seder C. W.;Junker K.;Omberg L.;Dinkin M.;Manikhas G.;Alvaro D.;Bragazzi M. C.;Cardinale V.;Carpino G.;Gaudio E.;Chesla D.;Cottingham S.;Dubina M.;Moiseenko F.;Dhanasekaran R.;Becker K. -F.;Janssen K. -P.;Slotta-Huspenina J.;Abdel-Rahman M. H.;Aziz D.;Bell S.;Cebulla C. M.;Davis A.;Duell R.;Elder J. B.;Hilty J.;Kumar B.;Lang J.;Lehman N. L.;Mandt R.;Nguyen P.;Pilarski R.;Rai K.;Schoenfield L.;Senecal K.;Wakely P.;Hansen P.;Lechan R.;Powers J.;Tischler A.;Grizzle W. E.;Sexton K. C.;Kastl A.;Henderson J.;Porten S.;Waldmann J.;Fassnacht M.;Asa S. L.;Schadendorf D.;Couce M.;Graefen M.;Huland H.;Sauter G.;Schlomm T.;Simon R.;Tennstedt P.;Olabode O.;Nelson M.;Bathe O.;Carroll P. R.;Chan J. M.;Disaia P.;Glenn P.;Kelley R. K.;Landen C. N.;Phillips J.;Prados M.;Simko J.;Smith-McCune K.;VandenBerg S.;Roggin K.;Fehrenbach A.;Kendler A.;Sifri S.;Steele R.;Jimeno A.;Carey F.;Forgie I.;Mannelli M.;Carney M.;Hernandez B.;Campos B.;Herold-Mende C.;Jungk C.;Unterberg A.;von Deimling A.;Bossler A.;Galbraith J.;Jacobus L.;Knudson M.;Knutson T.;Ma D.;Milhem M.;Sigmund R.;Madan R.;Rosenthal H. G.;Adebamowo C.;Adebamowo S. N.;Boussioutas A.;Beer D.;Giordano T.;Mes-Masson A. -M.;Saad F.;Bocklage T.;Landrum L.;Mannel R.;Moore K.;Moxley K.;Postier R.;Walker J.;Zuna R.;Feldman M.;Valdivieso F.;Dhir R.;Luketich J.;Pinero E. M. M.;Quintero-Aguilo M.;Carlotti C. G.;Dos Santos J. S.;Kemp R.;Sankarankuty A.;Tirapelli D.;Catto J.;Agnew K.;Swisher E.;Creaney J.;Robinson B.;Shelley C. S.;Godwin E. M.;Kendall S.;Shipman C.;Bradford C.;Carey T.;Haddad A.;Moyer J.;Peterson L.;Prince M.;Rozek L.;Wolf G.;Bowman R.;Fong K. M.;Yang I.;Korst R.;Rathmell W. K.;Fantacone-Campbell J. L.;Hooke J. A.;Kovatich A. J.;Shriver C. D.;DiPersio J.;Drake B.;Govindan R.;Heath S.;Ley T.;Van Tine B.;Westervelt P.;Rubin M. A.;Lee J. I.;Aredes N. D.;Mariamidze A.;Stuart J. M.;Hoadley K. A.;Noushmehr H.;Noushmehr H.
2018
Abstract
Cancer progression involves the gradual loss of a differentiated phenotype and acquisition of progenitor and stem-cell-like features. Here, we provide novel stemness indices for assessing the degree of oncogenic dedifferentiation. We used an innovative one-class logistic regression (OCLR) machine-learning algorithm to extract transcriptomic and epigenetic feature sets derived from non-transformed pluripotent stem cells and their differentiated progeny. Using OCLR, we were able to identify previously undiscovered biological mechanisms associated with the dedifferentiated oncogenic state. Analyses of the tumor microenvironment revealed unanticipated correlation of cancer stemness with immune checkpoint expression and infiltrating immune cells. We found that the dedifferentiated oncogenic phenotype was generally most prominent in metastatic tumors. Application of our stemness indices to single-cell data revealed patterns of intra-tumor molecular heterogeneity. Finally, the indices allowed for the identification of novel targets and possible targeted therapies aimed at tumor differentiation. Stemness features extracted from transcriptomic and epigenetic data from TCGA tumors reveal novel biological and clinical insight, as well as potential drug targets for anti-cancer therapies.
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11573/1677311
Attenzione
Attenzione! I dati visualizzati non sono stati sottoposti a validazione da parte dell'ateneo
Citazioni
771
1189
1170
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.